一、基金监管与归口问题

1. 多头管理：政府性基金往往涉及多个部门和机构的管理，导致管理权分散，相互之间的协调与沟通不足，容易引发重复建设或投资空白的问题。

2. 权责不清：部分基金的管理权与监督权不明确，导致在出现问题时难以追责，影响了基金使用的透明度和规范性。

二、预算编制与执行问题

1. 预算编制不科学：基金预算编制过程中，可能存在对基金需求预测不准确、预算项目设置不合理等问题，导致预算与实际需求脱节。

2. 预算执行不严格：在基金执行过程中，部分单位可能存在超预算支出、擅自改变资金用途等违规行为，导致基金使用效益低下。

三、基金上缴与征缴问题

1. 上缴不及时：部分单位在基金上缴过程中存在拖延现象，导致基金无法及时纳入国库统一管理，影响了资金的使用效率。

2. 征缴不足：由于征缴制度不完善或执行不力，部分基金存在漏征、少征现象，导致基金收入不足以支撑其支出需求。

四、基金使用与绩效问题

1. 违规使用：部分单位在使用基金时，可能存在挪用、挤占等违规行为，导致基金未能用于原定用途。

2. 绩效不佳：一些基金项目的绩效目标不明确或不合理，项目实施过程中缺乏有效的监督和管理，导致基金使用效益低下。

五、其他问题

1. 信息公开不足：政府性基金的收支情况、使用效益等信息公开不足，导致公众对基金的使用情况缺乏了解，影响了政府的公信力。

2. 内部控制缺失：部分单位在基金管理过程中缺乏有效的内部控制机制，导致基金使用和管理存在风险。